根据双方达成的《议定书》，这次会商的内容包括四个方面：一是推动喀斯特石漠化生态脆弱区的可持续发展。围绕国家在贵州实施的55个县的喀斯特石漠化综合治理工程，整合全国资源，建立相应的科学监测和科技创新平台，开展重大技术攻关。二是壮大特色产业，支撑经济社会发展。围绕“贵州贵阳、遵义国家新材料特色产业化基地”建设，推进建立产学研相结合的技术创新体系；围绕“国家中药现代化产业(贵州)基地”的建设，共同搭建以苗药科技创新和成果转化为目的的产业化发展科技支撑平台，支持和促进中药民族药产业可持续发展。三是大力推动军民结合创新体系建设，促进传统优势产业的改造和提升。共同开展先进制造关键共性技术攻关，打造先进装备制造业基地。用高新技术改造提升贵州冶金、化工、轻工等传统优势产业。四是创新体制机制，推动创新环境建设。围绕区域支柱及特色产业，搭建技术创新服务平台。大力促进贵州高新区二次创业和创业风险投资业发展。《议定书》还明确成立了由科技部和省政府主要领导共同担任主任的“部省合作委员会”，原则上每两年会商一次，总结部署相关工作，协调重大合作事项。
万钢在讲话中对近年来贵州省科技工作取得的成绩给予了充分肯定。他说，党的十七大把提高自主创新能力、建设创新型国家摆在促进国民经济又好又快发展的八个着力点之首，给科技工作提出了新的更高要求，要认真贯彻落实中央关于应对金融危机、发挥科技支撑作用、促进经济平稳较快发展的各项政策措施，大力推进自主创新，推动经济社会又好又快发展。要围绕促进科技与经济的紧密结合，加强部省联动，整合资源，明确方向，落实计划，加快具有贵州特色的区域创新体系建设。要立足贵州资源优势和产业特色，调整投入结构，集成各方资源，积极承担国家重大科技任务，进一步提升科技对经济社会发展的支撑作用。要紧紧围绕事关贵州发展全局的交通建设、水利建设、污染防治、石漠化治理等重大战略问题和先进制造、新材料、新能源、特色农业、中药民族药等重点领域，加大关键技术攻关力度，努力实现跨越式发展。要切实加强创新政策的落实，并在符合贵州自身发展需求方面寻求突破。他强调，部省会商是科技部与贵州省政府密切合作、共同推进自主创新战略实施的重要机制，贵州在生态文明建设等方面具有得天独厚的条件，科技部将进一步加大对贵州科技工作的支持力度，努力在贵州探索人与自然和谐发展、经济与社会协调发展、生态与环境平衡发展的科学发展模式，为全国类似地区的发展提供有益借鉴。他表示，在部省双方的共同努力下，部省工作会商一定会不断得到深化，合作方式将更加丰富，合作领域将更加宽广，合作成果将更加丰硕。
林树森代表省委、省政府和全省各族人民向科技部多年来对贵州发展的关心、支持和帮助表示衷心感谢。他说，科学技术是第一生产力，近年来在科技部等国家有关部门的大力支持下，贵州省坚持把科技工作摆在十分重要的突出位置来抓，将科教兴省列为全省五大战略之一予以强力推进，科技事业发展取得了一定进步。当前，国家明确提出把提高自主创新能力、建设创新型国家摆在国家发展战略的核心地位，为发展科技事业创造了非常好的环境和条件，只要贵州省按照国家的要求和部署，坚持不懈地一步一步做下去，贵州科技事业发展一定会取得更大进步。他指出，实行部省工作会商制度是科技部按照科学发展观要求，顺应科技发展新形势，有效推进科技工作的一项重要的体制机制创新，是整合科技资源、促进部省良性互动的有效举措。签订部省工作会商制度议定书，是贵州省科技工作中的一件大事，标志着科技部与贵州省的合作进入了更加密切务实的新阶段，为贵州省提高自主创新能力、推进科技创新体系建设、加快建设创新型贵州提供了难得机遇。这次部省工作会商的四个主题都是事关贵州省发展全局而又长期制约贵州省发展的重点难点问题，贵州省将充分利用部省会商这一平台和机制，采取最有效的措施，认真落实科技部的各项要求和《议定书》确定的事项，确保合作项目顺利推进。他希望科技部继续对贵州省科技事业发展给予大力支持，帮助贵州省把工作做得更好。
科技部副秘书长王志学，科技部有关司局负责同志，省政府秘书长邹伟，省有关部门和单位负责同志参加会议。